Bei einer Stuhlanalyse in der Arztpraxis erhält der Patient ein kleines Plastikröhrchen mit einem Schraubverschluss sowie einem kleinen Spatel. Damit werden zu Hause an drei unterschiedlichen Stellen kleine Stuhlproben entnommen, die man dann in das Röhrchen überträgt. Nach Abgabe der Testprobe schickt die Praxis die Stuhlprobe an ein Labor, wo sie ausgewertet wird. Zur Auswertung gibt es inzwischen unterschiedlichste Verfahren:
Beim sogenannten Immunologischen Stuhltest (iFOBT) kann man mittels Antikörpern winzige Blutspuren im Kot nachweisen. Mithilfe dieses Testverfahrens können Tumoren oder Polypen mit hoher Zuverlässigkeit erkannt werden, da er nur auf menschliches Blut, nicht aber auf Lebensmittel (z. B. Blutwurst oder rohes Fleisch) reagiert. Allerdings ist dennoch ein Fehlalarm möglich, da das Testverfahren auch auf Menstruationsblut oder Zahnfleischbluten reagiert.
Ein älteres Verfahren, um okkultes Blut aufzudecken, ist der Hämoccult-Test oder Guajak-Test. Dabei handelt es sich um einen biochemischen Test, bei dem man mithilfe einer Lösung Hämoglobin, den roten Blutfarbstoff, nachweisen kann. Zu beachten ist, dass der Hämoccult-Test auch auf Peroxidase-haltige Nahrungsmittel (z. B. Rettich oder Blumenkohl) sowie auf tierisches Blut reagiert. Dadurch kann der Test auch positiv ausfallen, was viele Patienten stark beunruhigt und weitere Untersuchungen, wie eine Darmspiegelung, notwendig macht.
Den sogenannten M2-PK-Stuhltest verwendet man, um Darmkrebs früh genug erkennen zu können. Mithilfe dieses Verfahrens wird das Enzym Pyruvatkinase im Stuhl nachgewiesen, das auf Darmkrebs-Vorstufen bzw. Darmkrebs hinweist, wenn die Werte erhöht sind. Ist das der Fall, so veranlasst der Arzt weitere Untersuchungen. Allerdings schließen normale Enzymwerte eine Darmkrebserkrankung nicht zuverlässig aus. Nicht jeder Polyp oder Darmkrebs hinterlässt auch Blutspuren im Stuhl, wodurch Polypen oder Tumoren auch übersehen werden können. Darmbeschwerden sollte man daher immer ernst nehmen, auch wenn ein Testergebnis unter Umständen negativ war.
Darüber hinaus bietet das Unternehmen BIOMES NGS GmbH auch eine DNA-basierte Stuhlanalyse an. Mittels dieses Tests kann man herausfinden, wo die Darmflora geschwächt ist, wobei man sich hier mikrobiologischer Befunde bedient. Durch einen umfangreichen Datenabgleich können so die Ursachen für Müdigkeitserscheinungen, Erschöpfungszustände oder Unverträglichkeiten herausgefunden werden. Auch für diesen Test erhält man ein Röhrchen mit einem Stäbchen, allerdings befindet sich im Röhrchen auch eine Flüssigkeit, womit die DNA der Mikroben so lange erhalten bleibt, bis die Stuhlprobe im Labor analysiert wurde. Im Rahmen der Auswertung wird die gesamte mikrobielle DNA, also Mikroorganismen wie Viren und Bakterien, identifiziert, wodurch Hinweise auf Verdauungsbeschwerden möglich sind. Anschließend wird auch eine Übersicht des Mikrobiota-Profils erstellt, die alle Erkenntnisse des Labors enthält. Die gesamte Auswertung ist über einen persönlichen Login-Bereich zugänglich, wobei diese datengeschützt und übersichtlich aufbereitet ist. Außerdem enthält die Analyse Empfehlungen, wie man seine Darmflora unterstützen und dadurch auch seine Lebensqualität verbessern kann. Zusätzlich zum Test erhält man auch einen individuell abgestimmten einwöchigen Ernährungsplan. Im Gegensatz zu herkömmlichen Methoden kann ein DNA-basierter Stuhltest 100 Prozent aller Dramakterien, die bekannt sind, identifizieren. Bei anderen Testverfahren können hingegen nur etwa 15–20 Prozent der Darmbakterien analysiert werden. Die Basis für die Interpretation des DNA-basierten Stuhltests bilden dabei 6000 wissenschaftliche Studien aus mehrjähriger Forschungsarbeit.